電子マニフェストに最終処分場の加入は必要ですか？

必ずしも必要はありません。
いわゆる一次マニフェストに関連する事業者（収集運搬業者・処分業者）のみが電子マニフェストに対応できれば、二次マニフェスト以降は紙マニフェストでも問題はありません。
従って、特別管理産業廃棄物、石綿含有産業廃棄物など、中間処分場を経由せず直接最終処分場で埋立てられる場合は、最終処分場も電子マニフェストの運用が可能でなければなりません。